【翻訳】FAQ - 3. 入力データ

RESOURCES - FAQ - 3. Input dataの翻訳です。翻訳間違い等ありましたら、コメント欄にお願いします。

3. 入力データ

メーリングリストで報告される問題の多くは,単に入力データのミスが原因で生じています。おかしな動作や結果と思ったら,報告する前に一度,XCrysDen等の視覚化ソフトで構造をご覧になってみてください。PWswfの入出力データは,XCrySDenを使って以下の要領で可視化できます。

入力ファイルの場合,

   xcrysden --pwi "input-data-file"

出力ファイルの場合,

   xcrysden --pwo "output-file"

XCrySDenは周期性を意識した可視化ソフトです。簡単に周期的に繰り返されたセルを可視化できます。入力ファイルをチェックするのにXCrysDenを使用することをお勧めします。

3.1 QEではプリミティブセルと通常の単位胞のいずれを使いますか?また,原子の指定の仕方は,全ての原子,対称性非等価な原子のみのいずれですか?

通常,プリミティブセルに対して全ての原子を指定します。格子定数パラメータや原子座標位置を適切に指定する限り,所謂"通常"の単位胞を扱うことも可能です。

3.2 結晶構造(XYZ形式)はどこで入手できますか?

American Mineralogist Crystal Structure Database (アメリカ鉱物結晶構造データベース)が大変豊富です。bilbao crystallography serverも素晴らしく,空間群やワイコフ位置を理解する教材にもなります。http://cci.lbl.gov/cctbx/index.htmlも興味深いサイトです。 (Mike Mehlからの情報提供)

CIFファイルは,Carlo Nervi (イタリア・トリノ大学)が開発したスクリプトPW/tools/pw2cif.shやGDIS v.0.99以降で変換できます。GDISでCIFファイルを開いて,'filename.pwi'として保存します。拡張子'pwi'のファイルを,Quntum ESPRESSOの単純な入力ファイルとして利用可能です。(Mutlu Colakogullariからの情報提供)

3.3 扱っている系が4H2131cの構造です。QEへの入力方法を教えてください。

構造を指定する方法は幾つかあり,Doc/INPUT_PW.*に記載があります。使い易い形式で入力してください。格子は,ブラベー格子,格子定数a,b,c,cos(ab), cos(ac), cos(bc),基本格子ベクトルから選ぶことができます。原子位置は,基本格子ベクトルまたはデカルト座標について,ボーア半径単位,オングストローム単位,格子定数単位で指定できます。

3.4 スーパーセルの作り方を教えてください。

手計算や,原子位置を変換するプログラムを作らずに,既存のプログラムを使ってスーパーセルを作ることができます。

  • XCrySDen (G. Mattioli談)
  • gaussview, Avogadro (A. Shearer談)
  • VESTAを使うのが良いです。描画が美しく,スーパーセルを作るのに使い勝手が良く,XYZ形式で原子位置を保存することができます。LinuxWindowsでも動作します。 (Arles V. Gil Rebaza談)
  • DL_POLYのユーティリティ"genlat.f" (G. Lapenna談)
  • EXCITINGパッケージ (http://exciting-code.org)のプログラム'spacegroup'を使ってスーパーセルを生成し,use ‘fropho’ (http://fropho.sourceforge.net)を使って対称性のチェックをします。(Kun Yin談, 2009年4月)
  • PHON (http://www.homepages.ucl.ac.uk/~ucfbdxa/)がお勧めです。(Eyvaz Isaev談, 2009年4月)
3.5 XYZへのブリルアンゾーンや高対称点,Where can I find the Brillouin Zone/high-symmetry points/irreps for XYZ?

このウェブサイトhttp://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.htmlを参照すると良いでしょう (Cyrille Barreteau談, nov. 2007)。あるいは,"The mathematical theory of symmetry in solids" (C.j. Bradley, A.P. Cracknell著)などの教科書も有用です。

3.6 Monkhorst-Packグリッドでk点を与えたい場合,どうすればよいですか?

pwtoolsにある補助コードkpoints.xを使ってMonkhorst-Packグリッドに相当するk点グリッドを生成できます。

3.7 ある原子の占有率を強制指定するにはどうすればよいですか?

できません。酸化状態の異なる二原子を扱う場合は,こちらのチュートリアルをご覧ください。

Copyright © 2015 qespresso. All Rights Reserved.